In Form eines vogelartigen Wesens lebt der Grundschüler Punpun einen normalen Alltag und geht mit anderen Kindern normal zur Schule. Aus seiner etwas naiv-kindlichen Weltsicht heraus entwickelt er eine überbordende Fantasie. Er verliebt sich in die neu dazugekommene Mitschülerin Aiko, beschließt Astronom zu werden und entflieht bei all seinen Fantasiereisen dem ständig streitenden Elternhaus. Weil Aiko Punpun erzählt hat, dass die Menschen in der Zukunft andere Sterne besiedeln werden müssen, um zu überleben, ist die Astronomie zur fixen Idee für Punpun geworden - er will die Menschheit retten. Falls das allerdings nicht möglich sein sollte, will er zumindest Aiko retten. Mit seinen Klassenkameraden durchlebt er auch die typischen Probleme des Aufwachsens - erwachende Sexualität, emotionale Verwirrung, Erwachsenwerden.